Di masa kepemimpinannya sebagai Presiden RI, ia memberantas jalur legal yang memberangus kebebasan berekspresi dari kaum Tionghoa di negeri ini yang ada semenjak masa Orde Baru pimpinan Soeharto. Ia mengajarkan pentingnya menghargai perbedaan pendapat, menghilangkan diskriminasi berdasarkan ras dan agama serta mewujudkan kemandirian bangsa dalam arti luas.
Ia juga dikenal sebagai pemimpin yang selalu berpihak kepada kepentingan rakyat. Kebijakan ekonomi yang ditekankan olehnya semasa memimpin negeri ini adalah untuk tidak sepenuhnya menyerah kepada pasar bebas, negara harus melindungi kepentingan ekonomi rakyat untuk memperbaiki nasibnya.
Ia layak disebut sebagai negarawan. Ia tak hanya dikagumi di kalangannya saja, tetapi juga kalangan yang negeri ini sebut kalangan minoritas. Di tahun 2004 ia mendirikan The Wahid Institute yang bertujuan untuk mewujudkan prinsip-prinsip dan cita-cita intelektual dari seorang Abdurrahman Wahid untuk membangun pemikiran Islam moderat yang mendorong terciptanya demokrasi, pluralisme agama-agama, multikulturalisme dan toleransi di kalangan kaum Muslim di Indonesia dan seluruh dunia.
Meskipun ia telah pergi, kiranya cita-citanya yang luhur dan memanglah adalah dasar dari negeri ini dapat terus diperjuangkan oleh generasi selanjutnya. Selamat jalan Gus Dur...